João Simões começou a treinar com a equipa principal apenas com 17 anos depois das lesões de Pedro Gonçalves, Morita e Bragança. Decorria a época de 2024-25, o treinador era Ruben Amorim, mas estreou-se com João Pereira frente ao Amarante, para a Taça de Portugal, e foi titular nos jogos seguintes com o Club Brugge e o Boavista. Com o Bologna saltou do banco aos 50 minutos e ainda teve tempo para ser eleito o melhor em campo. Marcou pela primeira vez pela equipa principal na vitória por 2-0, em Alvalade, frente ao Nacional.
Operado a 22 de abril ao quinto metatarso do pé direito, o jogador deu início a uma longa reabilitação que se prolongou até esta semana. Trata-se de um problema delicado e propenso a recaídas. Na fase final da recuperação, João Simões esteve às ordens de Rui Borges na 3ª feira no treino de campo com os companheiros. Ainda vai demorar algum tempo o seu regresso à competição com a simbólica camisola nº 8, que nos últimos anos foi envergada por Pedro Gonçalves, Matheus Nunes, Bruno Fernandes e Pedro Barbosa, nomeadamente, mas acredita-se que o mau tempo já passou.
